Après l'Armistice du 22 juin 1940, Mgr Saliège donne à son activité pastorale une coloration politique, s'opposant aux lois raciales du gouvernement de Vichy dès le mois de mars 1941.
Il s'engage sur le terrain en soutenant des oeuvres caritatives en faveur des détenus (républicains espagnols, juifs, opposants politiques) des camps de Noé et du Récébédou. En août 1943 il est le premier prélat français à dénoncer l'utilisation des camps français comme anti-chambre d'Auschwitz.
Le 23 août 1942, il écrit dans une pastorale : "Que des enfants, des femmes, des hommes, des pères et des mères soient traités comme un vil troupeau, que les membres d'une même famille soient séparés les uns des autres et embarqués pour une destination inconnue, il était réservé à notre temps de voir ce triste spectacle... Dans notre diocèse, des scènes d'épouvante ont eu lieu dans les camps de Noé et de Récébédou. Les Juifs sont des hommes, les Juives sont des femmes... Tout n'est pas permis contre eux... Ils font partie du genre humain. Ils sont nos frères comme tant d'autres. Un chrétien ne peut l'oublier." Bien qu'interdite par arrêté préfectoral, la lecture de cette lettre a quand même lieu dans la plupart des paroisses et surtout, est reprise et diffusée par la BBC. En septembre 1942, le camp du Récébédou est fermé.
Il organise alors, en parallèle, le placement des Juifs aux alentours de Toulouse. Son action est suivie par d'autres ecclésiastiques comme Mgr Théas, en charge du diocèse de Montauban. Le 24 mars 1944, s'adressant aux scouts catholiques français partant pour l'Allemagne, il critique ouvertement le national-socialisme, et manque d'être déporté, sort auquel il échappe en raison de sa notoriété et de son état de santé. A la Libération, le général de Gaulle lui remet la médaille de la Résistance et le fait compagnon de la Libération (décret du 7 août 1945).
Mgr Saliège est acclamé par la foule, pour ses actes de résistance, en octobre 1945, à l'occasion de son jubilé sacerdotal et de sa nomination en tant qu'assistant au trône pontifical. Le 18 février 1946 il est créé cardinal-prêtre, du titre de Sainte-Prudentienne, par le Consistoire.
Diminué par son hémiplégie, il est secondé par Mgr Garrone, mais continue d'occuper la fonction de chancelier de l'Institut catholique de Toulouse, et d'être membre des congrégations romaines des Sacrements, des Religieuses et des Cérémoniales.
Il décède le 4 novembre 1956 à l'âge de quatre-vingt-six ans et est inhumé dans la cathédrale Saint-Etienne à Toulouse.
Mar 22 Juil - 10:29